非上場株式等の配当があった場合、所得税については源泉徴収されているため、少額配当に該当する場合は、確定申告に含めないことができます。【確定申告不要制度を選択】
非上場株式等の配当を確定申告する内容に含める場合は、次の手順を経て入力することができます。
「分離課税の所得」
→上場株式等に係る配当所得等
「金融・証券税制（入力項目の選択）」
→「配当等の支払通知書」などの内容を入力する方
「金融・証券税制（源泉徴収口座以外の配当）」
→２ 非上場株式等（「上場株式等」以外のもの）の配当等に関する事項
「金融・証券税制（非上場株式等の配当）」
→上場株式等以外の株式等に係る配当等
【確定申告不要制度を選択】した場合には、住民税は源泉徴収されていないため、確定申告する際の【住民税・事業税に関する事項】で非上場株式の少額配当を申告するか、別途住民税の申告の際に非上場株式の少額配当を申告する必要があります。
ここで注意が必要なことは、非上場株式の少額配当を所得税の確定申告に含めているにもかかわらず、【住民税・事業税に関する事項】で非上場株式の少額配当欄に金額を入力してしまうと、住民税において、非上場株式の少額配当が二重計上されてしまう点です。
住民税等入力の【住民税・事業税に関する事項】の【５ 配当所得等がある方の入力項目】画面の質問は「非上場株式の少額配当等の金額がありますか？」となっており、本来入力させる金額である「【確定申告不要制度を選択した】非上場株式の少額配当等の金額がありますか？」との質問になっていません。
また、【確定申告不要制度を選択した】非上場株式の少額配当等の金額がある場合の【非上場株式の少額配当等の金額】には非上場株式の少額配当だけではなく、【配当所得の金額】＋【確定申告不要制度を選択した非上場株式の少額配当等】を入力する必要があります。
非上場株式等の配当を確定申告の金額に含めているにもかかわらず、ここに金額を入力してしまい二重計上になっている人や【配当所得の金額】を含めずに入力し、間違った金額を入力している人が多くいるのではないかと私は思っています。
なお、【５ 配当所得等がある方の入力項目】の横の？をクリックすると、「確定申告書等作成コーナーよくある質問」の「配当所得がある方の入力項目（住民税・事業税に関する事項）」が表示され、上記の正確な質問と入力するべき金額の説明があります。
？をクリックしないと、間違った入力を行う可能性が高いため、ここは改善されるべきと思います。
ちなみに、上場企業と同じように、総合課税として申告される非上場株式の配当は配当控除の対象となります。ご自身で税額を計算される際には、配当控除の計算額に含むことを忘れないように注意が必要です。
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